蜂蜜的加工過濾是一個比較基礎的加工步驟，單效蒸發器和分離器內停留的時間短，可有效地防止蜂蜜中芳香物質的揮發損失，酶值降低，抗菌能力下降。投入使用后優點明顯效果顯著，不僅加工量大，節約能源且自動化程度高，而且對蜂蜜的風味影響較小，加工后的蜂蜜質量也有明顯提高。
加工前先粗濾再精濾，通過加熱或稀釋降低其黏度提高濾速，同時又要保證其熱敏成分達到Z大變化的極限，加熱時需要經常攪拌，使蜂蜜整體受熱比較均勻逐步融化，防止糊化產生膠狀結塊；多道過濾蜂蜜，以除去雜質和少量較大顆粒晶體。應盡量在密封裝置中采用機械加壓過濾，以縮短加熱時間，減輕風味和營養的損失，現在很多蜂蜜加工廠家都是這樣加工蜂蜜的。
由于蜂蜜的濃度較高，十分枯稠，所起泡沫既小又難破碎，物料濃度越高，情況就會越嚴重，所以分離器除有防沫帽外，在進料口處又加入擋沫板，可有效地進一步來防止分離器內蜂蜜出現起沫情況。實踐中還發現，蒸發器的進料溫度低時，進入分離器的蜂蜜起沫特別嚴重，控制比較困難，而且無法進行正常加工。當溫度升高到合適的程度時，加工會非常順利，起沫現象也很少發生。所以蜂蜜在進入蒸發器前要加熱到一定溫度。
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